-Clima: La laguna está situada en la vertiente sur de la Sierra de Pela, al norte de la provincia de Guadalajara, tiene por ello un clima continental con inviernos fríos y veranos calurosos. Está situada a 1300m. de altitud, lo que aumenta el frío invernal y mitiga los calores estivales. La sequía del verano se reduce por ocasionales tormentas de verano.
-Geología: La Sierra de Pela une el Sistema Central con el Sistema Ibérico, conformada por un páramo que se eleva a los 1500m en la zona de Campisabalos. Predominan las rocas calizas estratificadas. Las aguas que llegan por el arroyo del Manadero se retienen por un dique travertino de alrdedor de 10m de ancho y 14m de altura dando lugar a la laguna de unos 18000 m2 de suprficie.
Cuando llueve el agua que cae en el altiplano de Campisabalos, se filtra por la roca caliza que es muy porosa y va disolviendo los carbonatos del que están compuestas. El agua cuando llega aun estrato impermeable, surge por el manantial del arroyo que alimenta la laguna. Los carbonatos disueltos en el agua, se van fijando a las plantas del fondo fosilizándolas paulatinamente, se forma así la toba (Este proceso de formación de una roca se llama travertino). Esta roca con el paso de los años ha formado un dique que retiene las aguas del arroyo, formando de esta forma la laguna.
-Hidrología: La laguna pertenece a la cuenca del Tajo, el caudal del manadero  es muy estable, al comportarse toda la sierra como una gran esponja, que absorbe agua con la lluvia  y la suelta lentamente. El valle se ha formado por disolución  de rocas carbonadas y el dique que retiene el agua, por depósito de esos carbonatos.
-Flora y vegetación: Existe una rica comunidad de seres vivos que habita  el fondo de laguna; zooplancton  (animales microscópicos) muy diverso, incluso con especies endémicas y que son esenciales para el ecosistema, al alimentarse de los residuos orgánicos que se precipitan al fondo,  El fitoplancton (algas microscópicas) es escaso pero diverso. Las plantas acuáticas (viven dentro del agua) las podemos enmarcar en l nombre genérico de ovas y carocitos, ejemplo la chara áspera. Son esenciales para la vida en la laguna ya que producen junto al fitoplancton el oxigeno que respiran el  zooplancton y los peces. 
La vegetación marginal esta integrada por carrizos, espadañas, masiegas y juncos, en las zonas menos inundadas; zarzales, escaramujos y majuelos. Más alejados de la orilla, los sauces y álamos rodean la laguna.
-Fauna: La avifauna acuática es reducida como corresponde a una laguna oligotrófica (aguas cristalinas co escasos nutrientes) con poco alimento para ellas; polla de agua, fochas, ánade real, zampullín chico, garza real.
Entre las no acuáticas hay que destacar; buitre leonado, alimoche, águila real, chova piquirroja que anida en los roquedos del Recuenco al igual que el buitre. Mirlo, mirlo pechiblanco, carbonero, herrerillo, petirrojos, lavanderas… Entre los anfibios; salamandra común, tritón jaspeado, sapo partero, ranita de san Antonio. Los reptiles están representados por; el eslizón, culebra lisa, víbora hocicuda, lagarto verdinegro. Entre los mamíferos destacan; nutria, gato montes, comadreja, topo, zorro, jabalí, corzo, murciélago orejudo. Los peces; trucha y bermejuela.